フレックスタイムの制度は作ったけど運用できない…そんな企業に足りない視点とは
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2026.07.10
フレックスタイム運用の落とし穴!制度が動かない企業に必要な視点
「フレックスタイムの制度を入れたけれど、うまく回らない」とお悩みの経営者の方は多いですよね。実は、フレックスタイム 運用がうまくいかない会社には、ある共通した原因があります。本記事では、IT業界やスタートアップでありがちな失敗の理由と、実務に直結する解決策を分かりやすく解説します。

なぜ今フレックスタイム運用が見直されているのか
近年、多くの会社で働き方の多様化が進んでいます。とくにIT業界やスタートアップ企業では、自由に働ける環境が強く求められています。しかし、制度を作っただけで満足してしまい、実際の現場で機能していないケースが目立ちます。
今こそ、フレックスタイム 運用を正しく見直すときです。時代に合った働き方を実現するためには、形だけの制度から脱却する必要があります。ここでは、なぜ今この運用が注目されているのか、その背景を詳しく見ていきましょう。
自由な環境を提供することは、会社の成長にも繋がります。経営者や人事担当者にとって、見逃せないテーマとなっています。現場の声に耳を傾けながら、一歩ずつ進めていくことが大切です。
柔軟な働き方が優秀なエンジニアを引きつける
IT業界では、優秀なエンジニアの採用競争がとても激しいです。エンジニアは、自分のペースで仕事に集中したいと考える傾向があります。そのため、フレックスタイムは、大きな魅力となります。
しかし、形だけの制度になっていると、求職者に見抜かれてしまいます。実際の運用の実態がスムーズであるからこそ、採用での強い武器になるのです。求人票に書くだけでなく、本当に使える制度にすることが重要です。
自由に働ける環境がある会社には、優秀な人材が集まりやすくなります。そのためにも、日頃の労務の管理を丁寧に行うことが大切です。エンジニアのモチベーションを高めるためにも、必須の視点と言えます。
また、エンジニアは夜間に集中力が研ぎ澄まされることもあります。そのような個人の特性に合わせた働き方を認めることが、成果につながります。会社が個人の裁量を尊重する姿勢を示すことが、信頼関係を築く第一歩です。
働く時間を自分でコントロールできることは、社員の自立を促します。自立した社員が増えることで、組織全体の生産性も向上します。結果として、会社の競争力を高めることにも繋がっていくのです。
実際に、求職者が会社を選ぶとき、自由度の高さを重視するデータもあります。とくに若い世代では、ワークライフバランスを大切にする人が増えています。制度があるだけでなく、実際にみんなが使えているかどうかが評価の分かれ目です。
面接のときに、「本当に好きな時間に出社できますか」と聞かれることもあるでしょう。そのときに、自信を持って「はい、みんな自由に動いています」と答えられる組織でありたいものです。そのためには、現場でのすれ違いを無くすための仕組みが欠かせません。
エンジニアが最高のパフォーマンスを出すためには、環境がすべてです。会社がその環境を本気で提供しようとしている姿勢が、採用の成功率を大きく左右します。
多様な人材が活躍できる環境づくりの重要性
子育てや介護をしながら働く社員も増えています。そのような多様な人材が、無理なく働き続けられる環境が必要です。適切な制度の活用ができれば、貴重な人材の離職を防ぐことができます。
例えば、朝にお子さんを保育園へ送ってから、遅めに出社することが可能です。また、夕方に早く退社して、家族のケアをすることもできます。このように、個人の事情に合わせた働き方ができると、社員の満足度が上がります。
社員が安心して長く働けることは、会社にとっても大きな利益です。だからこそ、形骸化させない仕組みが求められます。多様性を認める組織こそが、これからの時代を生き残ることができます。
さらに、体調に合わせた働き方も可能になります。朝が苦手な社員や、通院が必要な社員も、ストレスなく働くことができます。個々の事情に寄り添う会社の姿勢は、従業員への優しさを伝えるメッセージにもなります。
優秀な社員がライフイベントで辞めてしまうのは、会社にとって大きな損失です。制度をうまく動かすことで、全員が活躍できる職場を作ることができます。
これは、女性の活躍推進だけでなく、すべての社員にとってプラスになります。多様な視点がある会社は、新しいアイデアも生まれやすいです。組織の活性化のためにも、柔軟な働き方の定着を急ぎましょう。

フレックスタイム運用でありがちな2つの落とし穴
フレックスタイム 運用を始めるときに、多くの会社が陥る罠があります。よかれと思って決めたルールが、逆に社員を縛ってしまうことがあるのです。ここでは、特によく見られる2つの落とし穴について詳しく見ていきましょう。
現場の不満が溜まる前に、これらの問題点に気づくことが大切です。自社の現状と照らし合わせながら、チェックしてみてください。運用の見直しを行う良いきっかけになるはずです。
ちょっとした運用のズレが、大きなトラブルを生むこともあります。事前の対策をしっかり行うために、リスクを知ることから始めましょう。
コアタイムの設定ミスがチームの溝を深める
1つ目の落とし穴は、コアタイムの長さです。コアタイムを長くしすぎると、通常の勤務時間とほとんど変わらなくなります。これでは、柔軟な制度にしている意味が薄れてしまいます。
例えば、コアタイムを「10時から16時まで」と設定したとします。これでは、前後に少ししか自由な時間がありません。社員は、自由さをあまり感じられなくなってしまいます。
逆に、コアタイムが短すぎたり、全くなかったりするのも問題です。メンバー同士の連絡が取れなくなり、業務に支障が出ることがあります。チームの連携を保ちつつ、自由度を残すバランスがとても難しいところです。
とくにIT企業では、チームでのミーティングやコードレビューの時間が重要です。メンバーが揃う時間が短すぎると、開発のスピードが落ちてしまいます。その結果、現場から不満の声が上がることになります。
コアタイムを何時に設定するかは、業務の流れをよく見て決める必要があります。形だけの時間設定ではなく、実務に合わせた見直しが必要です。定期的に現場の声を聞きながら、最適な時間を探ることが大切です。
また、朝型の社員と夜型の社員の間で、コミュニケーションのすれ違いが起きることもあります。お互いのスケジュールが合わないことで、チーム内に見えない溝できてしまうのです。これを防ぐための工夫も、日頃のなかで求められます。
コアタイム以外の時間をフレキシブルタイムと呼びます。この時間の使い方の教育も、会社としては大切な仕事になります。
形骸化した勤怠管理がもたらす長時間労働のリスク
2つ目の落とし穴は、勤怠管理の甘さです。自由な働き方ができる反面、労働時間が不透明になりやすいというデメリットがあります。気がついたら、特定の社員が働きすぎていたということがよくあります。
とくに、リモートワークを併用しているときは注意が必要です。誰がいつ働いているのかが、見えにくくなってしまいます。管理職が社員の労働時間を把握できない状態は、非常に危険です。
長時間労働が続くと、社員の健康を害する恐れがあります。また、残業代の未払いトラブルに発展することもあるため、注意が必要です。適切な制度の維持には、しっかりとした管理の目が欠かせません。
裁量労働制と混同してしまうケースもあります。フレックスタイム制は、あくまでも働いた時間を集計する制度です。この基本を忘れると、法的なリスクが高まります。
会社を守るためにも、正確な時間の把握は絶対に怠ってはなりません。社員の自主性に任せることと、管理を放棄することは全く別のものであると認識しましょう。
過度な労働を防ぐためには、リアルタイムで時間を把握できる仕組みが必要です。今月の労働時間が今どれくらいなのか、本人がいつでも確認できる環境が望ましいです。
フレックスタイム運用を成功させる実務のポイント
では、どのようにすればフレックスタイム 運用を成功させることができるのでしょうか。具体的な解決策を導入することが、運用の成功への近道となります。実務で今すぐ実践できる、大切なポイントを2つに絞ってご紹介します。
これらのポイントを押さえることで、制度は生きたものへと変わります。現場の混乱を防ぎ、スムーズな運用を目指しましょう。経営陣と現場が一体となって取り組むことが大切です。
ルールを明確にすることと、お互いの配慮を忘れないことが基本となります。具体的なやり方を詳しく見ていきましょう。
清算期間と労働時間のルールを明確にする
まずは、清算期間におけるルールの明確化です。フレックスタイム制では、清算期間の中での総労働時間をあらかじめ決めておきます。この時間を超えた分が、残業代の対象となります。
厚生労働省のガイドラインでも、ルールの周知が推奨されています。会社と社員の間で、労働時間のカウント方法について共通の認識を持つことが大切です。
具体的なルールの例を、以下の表にまとめました。貴社の制度作りの参考にしてみてください。
| 項目 | ルールの内容 | 注意点 |
| 清算期間 | 通常は1ヶ月間(最長3ヶ月まで可能) | 労使協定が必要 |
| 総労働時間 | 清算期間における法定労働時間の枠内 | 1週平均40時間以内になるよう設定 |
| コアタイム | 11:00 〜 15:00 など、必ず全員が揃う時間を推奨 | 長すぎると制度のメリットが消える |
| フレキシブルタイム | 7:00〜11:00、15:00〜22:00 など自由な時間を推奨 | 深夜労働や休日労働のルールに注意 |
このように、ルールを表にして、就業規則に明記することが基本です。分かりやすいルールがあることで、社員も安心して日々の仕事に取り組むことができます。
また、清算期間を3ヶ月にする場合は、労使協定を労働基準監督署に届け出る必要があります。1ヶ月以内の場合は届出は不要ですが、協定の締結は必須です。こうした手続きの漏れがないように注意しましょう。
さらに、労働時間が不足した場合の扱いも決めておく必要があります。欠勤控除とするのか、次の月に繰り越すのかを明確にします。ルールが曖昧だと、給与計算のときに現場が混乱してしまいます。
総労働時間の計算は、月によって日数が異なるため注意が必要です。例えば、31日の月は177.1時間、30日の月は171.4時間が法定労働時間の枠となります。これらを正しく計算し、社内にアナウンスすることが求められます。
社内コミュニケーションのガイドラインを作る
次に大切なのが、社内コミュニケーションの約束事を作ることです。働く時間がバラバラになると、どうしても情報共有が不足しがちになります。それを防ぐための、具体的なルールを決めましょう。
例えば、以下のような箇条書きのルールを社内で共有することをおすすめします。
- 当日の始業時刻と終業時刻を、事前にチャットツールで共有する
- コアタイム以外でも、緊急の連絡に対応できる方法を決めておく
- ミーティングは、全員が揃うコアタイムの時間内に設定する
- 自分のスケジュールをカレンダーツールで常に公開しておく
- 連絡が取れない時間帯(中抜けなど)を事前にチームに伝える
このように、お互いの状況を思いやる工夫が、スムーズな制度の維持につながります。
詳しくはこちらの記事もご参照ください。当法人のブログでは、リモートワーク時のコミュニケーション術についても解説しています。仕組みだけでなく、運用の工夫をセットで考えることが大切です。
また、テキストコミュニケーションの質を高めることも重要です。相手がいつ読むか分からないことを前提に、要点を分かりやすく伝えるスキルが求められます。会社全体で、こうしたスキルアップを支援していくことも有効です。
時間の自由度が高まる分、言葉の丁寧さや配慮がより一層必要になります。お互いの信頼関係を壊さないための、最低限のマナーを共有しましょう。
さらに、チャットのステータス機能を活用するのも良い方法です。お互いの状態が視覚的に分かれば、声をかけるタイミングに迷わなくなります。ちょっとした工夫が、業務のスムーズさに大きく影響します。
専門家である社労士から見たフレックスタイムのポイント
特定業種への深い専門性を持つ専門家の視点からお伝えします。IT企業やスタートアップ、また病院・クリニックや宿泊業など、業種によって最適な形は異なります。
例えば、IT企業や創業期のスタートアップでは、自由度を高くすることが求められます。一方で、チームでの開発や急なトラブル対応のための、最低限の縛りも必要です。この「自由と規律」のバランスをどう取るかが、社労士としての腕の見せ所です。
また、就業規則への記載内容も、細かく吟味する必要があります。一般的なひな形をそのまま使うだけでは、自社の実態に合わないことが多いです。トラブルが起きたときに、会社を守るための防壁とならない可能性があります。
制度の導入には、労使協定の締結など、法的な手続きも欠かせません。手続きを怠ると、後からトラブルになったときに、会社を守ることができなくなります。自社の業種や文化に合った、オーダーメイドの枠組みを組み立てることが成功の鍵です。
さらに、評価制度との連動も重要です。働く時間ではなく、成果で評価する仕組みが整っていないと、社員は不安になります。「早く帰ると評価が下がるのではないか」という疑念を払拭することが大切です。
私たち専門家は、単に法律を守るだけでなく、会社が成長するための制度設計をサポートします。現場の社員が生き生きと働き、かつ経営者が安心して任せられる環境を作ることが私たちの役割です。専門的な知識を活用して、一歩進んだ労務管理を目指しましょう。
【画像挿入推奨:笑顔で打ち合わせをする経営者と専門家のイメージ画像】

よくある質問(FAQ)
ここでは、フレックスタイム 運用に関して、経営者や人事担当者の方からよくいただく質問にお答えします。実務で迷いやすいポイントですので、ぜひ参考にしてください。
Q1:コアタイムに遅刻したときの扱いはどうすればよいですか?
コアタイムに遅刻した場合は、通常の遅刻と同じように扱うことができます。ただし、フレックスタイム制の趣旨から、その日の労働時間が短くなった分は、他の日に多く働くことで相殺することが可能です。
就業規則に、コアタイムの遅刻に対するペナルティのルールをどのように記載するかがポイントとなります。運用のルールをあらかじめ明確にして、社員に説明しておくことがトラブル防止につながります。
また、度重なる遅刻がある場合は、フレックスタイム制の適用を一時的に外すなどの措置を検討することも、実務上は有効な手段となります。個別の状況に応じた柔軟な対応が求められますので、迷ったときは専門家へご相談ください。
Q2:フレックスタイム制でも残業代は発生しますか?
はい、フレックスタイム制であっても、残業代は発生します。フレックスタイム制における残業は、1日単位ではなく、清算期間全体の総労働時間で計算します。
清算期間の総労働時間を超えて働いた時間は、すべて時間外労働(法定の時間を超えた労働)となります。そのため、会社は割増賃金を支払う義務があります。毎月の労働時間の合計を、しっかりと集計して管理することが必要です。
また、1ヶ月を超える清算期間を採用している場合は、各月での週平均労働時間の計算など、より複雑なルールが適用されます。計算ミスを防ぐためにも、クラウド型の勤怠管理システムの導入などを検討すると良いでしょう。
Q3:新入社員にもすぐに適用して大丈夫でしょうか?
新入社員への適用は、慎重に判断することをおすすめします。業務に慣れていない時期に、完全に自由なフレックスタイム 運用を認めると、教育や管理が難しくなることがあるためです。
例えば、「入社後3ヶ月間はフレックスタイム制の対象外とし、通常の勤務時間とする」というルールを設けることが一般的です。業務を一人でこなせるようになってから、柔軟な働き方に移行させる方が、本人にとっても会社にとってもスムーズです。
教育担当者との時間を合わせる意味でも、最初のうちは勤務時間を固定した方が効果的な育成に繋がります。自社の育成計画に合わせて、対象者の範囲を適切に設定しましょう。
(まとめ)
ここまで、制度がうまく機能しない原因と、具体的な解決策について解説してきました。フレックスタイム 運用を成功させるためには、ただ制度を作るだけでなく、実務に即した細かいルール作りと、社員同士のコミュニケーションが不可欠です。
とくに、変化の激しいIT業界やスタートアップでは、会社の成長に合わせてルールを柔軟に変えていく視点も大切になります。適切な管理を行いながら、社員が最大のパフォーマンスを発揮できる環境を整えていきましょう。制度の形骸化を防ぎ、本当の意味で従業員が輝く会社作りに取り組んでみてください。
詳しくはこちらの記事もご参照ください。当法人では、企業の成長フェーズに合わせた労務管理のノウハウを多数発信しています。
フレックスタイム制の導入や運用の見直しについて詳しくは、当法人のIT・スタートアップ向け労務サポートサービスをご覧ください。まずは無料相談で貴社の状況をお聞かせください。特定業種への深い専門性を持つ社会保険労務士法人秋田国際人事総研が、東京都中心のエリアできめ細やかに対応し、会社の発展を全力で支えます。
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