勤怠システムの導入を社労士に相談するメリットと進め方

勤怠システムを入れたいけれど、どこに相談すればよいのか迷いますよね。システム会社の説明だけでは、自社の規程に合うか判断しにくいものです。

実は、勤怠システムの導入でつまずく原因の多くは、操作ではなく労務のルールにあります。設定と規程が食い違うと、割増賃金の計算に影響するおそれがあります。

この記事では、社労士に相談するメリットと依頼できる範囲、相談の流れ、準備する資料を経営者の方向けに整理します。

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なぜ今、勤怠システムの導入に労務の視点が必要なのか

労働時間の把握は会社に求められる管理の土台

結論から言うと、勤怠管理は単なる便利な道具ではなく、法令にもとづく管理の土台です。使用者には、労働時間を適正に把握する責務があるとされています。

厚生労働省のガイドラインでは、始業・終業時刻を確認し、記録することが求められています。原則的な方法は、使用者による現認か、タイムカードやICカード、パソコンの使用時間などの客観的な記録です。

詳しくは厚生労働省の『労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン』をご確認ください。

また、2019年4月施行の改正労働安全衛生法により、管理監督者なども「労働時間の状況」の把握の対象になりました。把握の方法は、原則として客観的な方法とされています。

自己申告による把握は、やむを得ない場合に限られ、実態との差を確認するなどの措置が必要です。詳しくは厚生労働省の『労働時間の適正な把握方法について教えて下さい。』もご確認ください。

記録の保存期間と賃金の時効が延びている

2020年4月の労働基準法の改正で、賃金請求権の消滅時効は5年に延長されました。ただし、当分の間は3年とする経過措置がとられています。

賃金台帳や出勤簿などの記録の保存期間も5年に延長され、当分の間は3年とされています。詳しくは厚生労働省の『賃金台帳等の労働契約関係の書類の保存期間は何年ですか？』をご確認ください。

つまり、勤怠の記録が不正確なままだと、過去にさかのぼって確認を求められる期間が長くなるおそれがあります。正確な記録を残す仕組みづくりは、会社を守ることにもつながります。

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勤怠システムの導入でよくある落とし穴

システムの設定と就業規則が合っていない

よくあるのが、システムの標準設定のまま運用を始めてしまうケースです。標準設定は、自社の所定労働時間や休日の決まりと一致するとは限りません。

食い違いが起きやすい項目を表にまとめました。

項目	よくある食い違い	影響のおそれ
所定労働時間・休日	規程と設定の時間や日数が違う	時間外労働の計算がずれる
変形労働時間制・フレックスタイム制	労使協定の内容が反映されていない	割増賃金の対象時間が変わる
端数処理	日ごとの労働時間を一律に切り捨てる	賃金の未払いにつながる
休憩時間	実態と関係なく一律に差し引く	記録と実態がずれる
年次有給休暇	付与日や付与日数が規程と違う	年5日の取得管理に影響する

このように、設定の誤りは毎月の給与計算にそのまま反映されてしまいます。 導入前に、規程と設定を一つずつ突き合わせることが大切です。

特に、変形労働時間制やフレックスタイム制を使っている会社は注意が必要です。労使協定で定めた期間や時間が、設定に正しく反映されているかを確認しましょう。

現場の運用ルールが決まっていない

もう一つの落とし穴は、打刻や申請のルールを決めずに導入することです。システムを入れても、使い方が人によって違えば、記録の正確さは保てません。

事前に決めておきたい主なルールは、次のとおりです。

• 打刻のタイミング(着替えや朝礼の前か後か)
• 打刻漏れや修正の申請と、承認の手順
• 残業の事前申請の要否と、承認する人
• 直行直帰やテレワークのときの記録方法

ここで、よくある状況をもとにしたモデルケースを紹介します。従業員30名ほどの会社が、標準設定のままシステムを使い始めたとします。

数か月後、1日の労働時間を15分単位で切り捨てる設定になっていたと分かりました。従業員からの指摘を受け、過去の記録と給与を確認し直す作業が発生しました。

導入時に規程と設定を突き合わせていれば、防げた可能性が高いケースです。システム選びの観点は、詳しくはこちらの記事もご参照ください。【内部リンク:勤怠管理システム導入で失敗しないための選定ポイント】

【画像挿入推奨:就業規則とシステムの設定を照らし合わせるイメージ画像】

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社労士に相談するメリットと依頼の進め方

社労士に依頼できる範囲

社労士に相談するいちばんのメリットは、設定を労務のルールから組み立てられることです。社労士は、労働時間制度や就業規則、労使協定を扱う専門家です。

勤怠システムの導入で社労士に依頼できる主な内容は、次のとおりです。

• 就業規則、賃金規程、労使協定の点検
• 労働時間制度に合わせた設定項目の整理
• 割増賃金や端数処理など、計算ルールの確認
• 打刻や申請の運用ルールづくりと、社員への説明の支援
• 導入後の設定の見直しと、規程の改定

一方で、システムの契約や機器の手配、操作方法の案内は、提供会社が担う領域です。社労士は、その設定の中身が自社のルールに合っているかを確認する役割を担います。役割を分けて考えると、相談先を選びやすくなります。

社労士による導入支援の具体的な内容は、こちらのサービスページで確認できます。

相談から運用開始までの流れ

勤怠システムの導入を社労士と進める場合の、一般的な流れは次のとおりです。

1. 現状のヒアリング(勤務形態、人数、いまの管理方法)
2. 就業規則や労使協定と、実際の働き方の点検
3. 設定項目の整理と、必要に応じた規程の見直し
4. 試験運用と、給与計算の結果の確認
5. 本運用の開始と、一定期間後の見直し

特に大切なのは、本運用の前に試験運用を行い、これまでの給与計算と結果を比べることです。差が出た場合は、設定と規程のどちらを直すべきかを確認します。

相談の前に、次の資料を用意しておくと話がスムーズに進みます。

• 就業規則、賃金規程、育児・介護休業規程
• 36協定や変形労働時間制などの労使協定
• 直近数か月分の出勤簿やタイムカード、賃金台帳
• 検討中のシステムの資料

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専門家である社労士の視点

社労士の立場から見ると、勤怠システムの導入は、労務管理を見直すよい機会です。紙やExcelでは見えにくかった残業の偏りや、休憩の取り方が数字で見えるようになります。

自社で対応しやすいのは、次のような場面です。

• 全員が同じ所定労働時間で、固定の勤務形態で働いている
• 就業規則が最近見直されていて、実態と合っている
• 給与計算の担当者が、割増賃金の計算に慣れている

反対に、専門家に相談したほうがよいのは、次のような場面です。

• 変形労働時間制、フレックスタイム制、裁量労働制を使っている
• 就業規則を長く見直しておらず、実態と合っているか分からない
• 雇用形態や勤務地が複数あり、ルールが分かれている
• これまでの残業代の計算方法に不安がある

システムは決めたルールを正確に動かす道具で、ルールそのものは作ってくれません。 だからこそ、ルールを整える段階で専門家が関わる意味があります。

また、労働時間に関する法令や通達は、改正されることがあります。導入したときの設定のままにせず、法改正や社内制度の変更があったときに見直す体制をつくっておくと、長く安心して運用できます。

導入の全体像は、詳しくはこちらの記事もご参照ください。【内部リンク:人事労務のDX化は何から始めるべきか】

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よくある質問(FAQ)

Q1. システムを決める前に相談してもよいですか?

はい、システムを決める前のご相談がおすすめです。自社の労働時間制度や勤務形態によって、必要な機能は変わります。

たとえば、変形労働時間制やフレックスタイム制に対応できるか、シフトの作り方に合うかを先に確認できます。選んだあとで機能が足りないと分かると、運用で補う手間が増えます。規程の点検とシステム選びを並行して進めると、勤怠システムの導入がスムーズです。

Q2. すでに導入済みでも、設定の見直しを相談できますか?

はい、導入後の見直しも相談できます。運用を始めてから、設定の食い違いに気づくこともあります。

見直しでは、就業規則や労使協定と、システムの設定を一つずつ突き合わせます。あわせて、給与計算の結果に影響が出ていないかを確認します。食い違いが見つかった場合は、設定を直すか規程を改めるかを、会社の実態に合わせて判断します。

Q3. 相談から運用開始まで、どのくらいの期間がかかりますか?

期間は、会社の規模や勤務形態、規程の見直しの有無によって変わります。一律の目安を示すのは難しいのが実情です。

固定の勤務形態で規程も整っていれば、比較的短い期間で進められます。一方、変形労働時間制を使っている場合や、規程の改定が必要な場合は時間がかかります。給与の締め日に合わせて試験運用の期間を確保できるよう、余裕をもって計画することをおすすめします。

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まとめ:勤怠システムの導入はルールの整理から

勤怠システムの導入は、労働時間を正確に記録し、会社を守るための大切な一歩です。ただし、システムは決めたルールを動かす道具で、ルールの整理が欠かせません。

• 労働時間の把握は、客観的な方法が原則とされている
• 設定と就業規則、労使協定がそろっていないと、給与計算に影響する
• 打刻や申請の運用ルールを、導入前に決めておく
• 試験運用で、これまでの給与計算と結果を比べる

自社だけで判断が難しい部分は、早めに専門家の力を借りることで、手戻りを減らせます。

勤怠システムの導入や設定の見直しをお考えの経営者の方は、まずは当法人の無料相談をご利用ください。支援の内容は労働時間コンサルティングのページでもご確認いただけます。ご相談の際は、就業規則と直近数か月分の賃金台帳をご用意いただくと、より具体的なお話ができます。

【免責事項】
本記事は、2026年11月時点の法令および公的機関の公表情報にもとづき、一般的な情報の提供を目的として作成しています。
法改正や通達の変更などにより、内容が最新の取扱いと異なる場合があります。
個別の事案への当てはめは、会社の状況によって結論が変わります。実際の対応にあたっては、専門家へご相談ください。
本記事の情報を利用した結果について、当法人は責任を負いかねますので、あらかじめご了承ください。

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