「フレックスタイム制における給与計算への影響は？労働時間の集計と残業単価の考え方」

フレックスタイム制を導入したものの、毎月の給与計算（お給料の計算）が複雑で悩んでいませんか。自由な働き方ができる一方で、担当者のかたの負担は大きいですよね。

この記事では、フレックスタイム制の給与計算について、労働時間の集計や残業単価の決め方をわかりやすく解説します。実務の不安をすっきり解消していきましょう。

なぜ今フレックスタイム制の給与計算が重要なのか～IT業界やスタートアップでの導入が進む理由～

最近のIT業界やスタートアップ企業では、この制度を取り入れる会社がとても増えています。エンジニアなどの職種は、日によって仕事の波が激しいからです。

急なシステムのトラブルへの対応や、開発の締め切り前などは、どうしても働く時間が長くなりがちです。逆に、仕事が落ち着いているときは、早く帰って体を休めることが理想ですよね。このような柔軟な働き方にぴったり合うのが、フレックスタイム制という仕組みなのです。

働く時間を自分でコントロールできる環境は、働く側にとって大きな魅力となります。

• 急なトラブルにも柔軟に対応できる
• 仕事の波に合わせて働く時間を調整できる
• 無駄な残業代を減らすことができる

とくに若い世代や、高い技術を持つ人材ほど、自由な環境を好む傾向があります。自分の生活に合わせて働く時間を決められることは、仕事のやる気を高めることにもつながるでしょう。会社にとっても、無駄な残業代を減らすことができるという大きなメリットがあるのです。業務の効率化を目指す企業にとって、外せない選択肢となっています。

しかし、制度を動かすためには正しい仕組みが欠かせません。とくにフレックスタイム制の給与計算を正しく行うことは、会社の信頼を守るためにとても重要です。

仕組みがあいまいなままだと、働く人に不信感を与えてしまう原因になります。せっかく良い制度を入れても、お金の計算で揉めてしまっては意味がありません。法律にのっとった正しい計算方法を、しっかりと学んでおく必要があります。会社と社員の双方が納得できる環境を作ることが、これからの経営には求められます。

柔軟な働き方がエンジニアの採用と定着に与える影響

優秀なエンジニアを採用するためには、自由度の高い働き方が効果的です。今の時代、給与の高さだけでなく、働きやすさを重視する求職者が非常に増えています。

リモートワークと組み合わせることで、さらに採用の力が強まるでしょう。全国から優秀な人を集めることも可能になり、会社の成長に大きく貢献するはずです。

他社との差別化を図るためにも、新しい制度の導入を検討する価値は十分にあります。実際に、多くの成長企業がこの仕組みを使って優秀な人材を確保しています。

自分のペースで仕事ができる職場は、離職を防ぐことにもつながるでしょう。とくに子育てや介護など、家庭の事情を抱える社員にとって、この制度は心強い味方です。会社を辞めずに働き続けられる環境を作ることは、人手不足の解消にも役立ちます。

大切な人材を長く引き留めるために、多くの企業が工夫を凝らしています。定着率が上がれば、採用にかかるコストや教育の手間を抑えることも可能になります。会社の安定した経営のためにも、人が辞めない職場づくりは重要です。

【画像挿入推奨:フレックスタイム制で働くITエンジニアのイメージ画像】

ただし、自由な働き方を支えるのは、しっかりとした労務管理です。給与の計算が間違っていると、せっかくの制度も逆効果になってしまいます。「この会社は労務管理がずさんだな」と思われてしまうと、社員の心が離れていく原因になります。

とくにITに詳しい人材は、労務のルールや法律にも敏感なことが多いです。少しの計算ミスが、会社のイメージを大きく下げてしまうこともあります。定着率を高めるためにも、正しい知識を身につけることが大切です。

フレックスタイム制の給与計算でよくある2つの落とし穴

清算期間をまたぐ労働時間の集計ミス

1つ目の落とし穴は、清算期間の集計間違いです。フレックスタイム制では、1ヶ月などの期間のなかで労働時間を合計します。通常の会社員のように、1日8時間を超えたからといって、すぐに残業とはなりません。この期間のなかで、会社が定めた総労働時間を超えた分が残業となります。

そのため、日々の集計ではなく、期間全体の数字をしっかりと見る必要があります。ここの仕組みを勘違いしている担当者のかたが、実はとても多いのです。日ごとの計算ではないため、月全体の数字を正しく追わなければなりません。これがじつむの担当者にとって、非常にややこしい部分となっています。

集計のルールが間違っていると、未払い残業（支払われていない残業代）が発生するリスクがあります。とくに、月によって働くべき日数が変わるときなどは、ミスが起きやすいので注意しましょう。

カレンダー通りの日数を確認しながら、慎重に進める必要があります。間違った集計を続けていると、後から大きな請求を受けることにもなりかねません。清算期間の終わりには、とくに慎重な確認が必要です。

1人ひとりの働く時間を手動で足していくのは、大変な手間とかかります。少しの掛け算や足し算の間違いが、大きなトラブルに発展することもあるのです。社員との信頼関係を壊さないためにも、確実なチェックが求められます。ミスを防ぐための体制づくりを、今のうちから進めておきましょう。

コアタイムの遅刻や欠勤の扱いによるトラブル

2つ目の落とし穴は、コアタイムの遅刻などの扱いです。コアタイムに遅れたとき、一律で基本給を減らしていませんか。

実は、フレックスタイム制の給与計算では単純に減給（お給料を減らすこと）ができないばあいがあります。なぜなら、働く時間を自分で決められるのがこの制度の基本だからです。この点を知らないまま処理をしていると、法律違反になることがあります。

良かれがあっておこなった処理が、思わぬトラブルを招くのです。清算期間全体で見て、総労働時間を満たしていれば、欠勤（仕事を休むこと）にならないケースもあるからです。

たとえば、コアタイムに1時間遅刻しても、別の日に1時間長く働いていれば、全体の時間は足りることになります。

このばあい、お給料を引くことは法律上難しくなることがあるのです。就業規則にどう書かれているかが、大きなポイントになります。

会社のルールと法律のバランスを、うまく取る必要があります。事前の取り決めがないままお給料を引くことは、社員からの反発を招くでしょう。ここのルールをあいまいにしていると、後でトラブルになることが非常に多いです。

「遅刻したのに減給されないのはおかしい」という不満が、他の社員から出ることもあります。逆に、違法な減給をしてしまい、労働基準監督署（労働法の違反を取り締まる役所）から指導を受けることもあります。

社内の規律を保ちながら、法律を守ることは簡単ではありません。会社を守るためにも、明確な基準を作っておくことが求められます。トラブルが起きる前に、就業規則の見直しをおすすめします。

正しいフレックスタイム制の給与計算と実務対応のポイント

残業単価の計算と割増賃金の正しい求め方

ここからは、具体的なフレックスタイム制の給与計算の方法について見ていきましょう。まず、残業代の元となる残業単価（1時間あたりの金額）を計算します。これは通常の働きかたとおなじで、基本給などの手当てから、1ヶ月の平均所定労働時間を割って出します。

手当てのなかには、残業単価の計算から除外できるものもあるので、正しく分類しましょう。家族手当や通勤手当などは、げんそくとして除外することができます。間違えて入れてしまうと、残業代が高くなってしまうので注意が必要です。

次に、清算期間における法定労働時間（法律で決められた働く時間の上限）を超えた時間を探します。法定労働時間は、その月の暦の日数（カレンダーの日数）によって変わるので注意してください。

週に40時間働くというルールを基本として、月ごとに上限が決められています。この上限をしっかりと把握することが、正しい計算の第一歩となります。以下の表で、日数ごとの上限を確認してみましょう。

1ヶ月の暦日数	週40時間対象の法定労働時間の上限
31日	177.1時間
30日	171.4時間
29日	165.7時間
28日	160.0時間

この上限を超えた時間が、割増賃金（法律で定められた上乗せの残業代）の対象となります。たとえば、31日の月に総労働時間が190時間だったばあいを考えてみます。このときは、190時間から177.1時間を引いた、12.9時間が残業時間となります。

割増率は原則として25%以上（通常の残業のばあい）です。この数字に、先ほど出した残業単価を掛け合わせて、残業代を出します。計算の手順を間違えないように、マニュアル（手順書）を作っておくと安心ですね。

計算のステップは、以下のとおりになります。

• 清算期間中の総労働時間を集計する
• その月の法定労働時間の上限を確認する
• 上限を超えた時間に対して割増賃金を計算する

実務では、このステップを確実に行うことが求められます。もし、会社で定めた時間が法定の上限より短いばあいは、その間の時間の扱いも決める必要があります。法律をクリアしつつ、会社に損が出ないような細かい調整が大切です。

慣れるまでは、何度も見直しを行うと良いでしょう。少しでも不安があるときは、早めに確認する癖をつけておくとミスが減ります。

リモートワークと組み合わせたときの労働時間管理

IT企業などでは、フレックスタイム制とリモートワークを同時に使うことが多いです。このとき、労働時間の把握（いつ働いたかを捉えること）が難しくなりがちです。お互いの姿が見えない環境では、本当に仕事をしているかどうかが分かりにくいですよね。

サボっているのではないかという、無駄な疑いを持ってしまうこともあります。パソコンのログや、勤怠管理システムをうまく使いましょう。客観的なデータを使うことで、お互いに気持ちよく仕事をすることができます。

自己申告だけに頼ると、実際の時間とズレが出ることがあります。「家だから少し長めに報告しておこう」といったことが起きるかもしれません。厚生労働省のガイドラインでも、客観的な記録による管理が求められています。

国からも、適切な労働時間の把握について詳しい案内が出されています。これに合わせて、会社としても管理の方法を変えていく必要があります。

ルールの形骸化を防ぐための工夫が大切です。実態に合ったルールを作り、それを守ってもらうことが大切です。リモートワークのときの連絡方法や、休憩時間の取り方も決めておくと良いでしょう。

ルールがはっきりしていれば、社員も迷わずに安心して仕事をすることができます。結果として、業務の生産性を高めることにもつながります。会社全体の成長のためにも、インフラの整備を進めましょう。詳しい管理の方法については、こちらの記事もご参照ください。

専門家である社労士の視点：労務管理のデジタル化とルール化

私たち専門家の視点からお伝えすると、手作業でのフレックスタイム制の給与計算は限界があります。とくに人数が増えてきたり、多様な働き方を認めたりするほど、ミスが起きやすくなります。エクセルでの管理では、数式のミスや入力の手間が避けられません。

過去のデータをさかのぼって確認するのも、非常に大変な作業となります。そのため、まずは勤怠管理システムの導入など、デジタル化を急ぐことをおすすめします。今の時代、便利なツールがたくさんありますので、使わない手はありません。

最近のシステムは非常に優秀で、フレックスタイム制の集計にも自動で対応してくれます。日々の打刻をするだけで、月全体の残業時間が勝手に計算されるので、とても便利です。給与計算ソフトとの連携もできるため、手入力によるミスをなくすことができます。

担当者のかたの毎月のストレスも、格段に減らすことができるでしょう。デジタル化を進めることは、業務の効率化だけでなく、コンプライアンスの強化にもなります。

会社の守りを固めるためにも、ツールの見直しは効果的です。また、システムを入れるだけでなく、就業規則などの社内ルールを正しく整えることも必須です。フレックスタイム制を導入するには、労使協定の締結も必要になります。

この書面を正しく作って労働基準監督署に届け出ないと、制度自体が無効になることもあります。会社を守るための防壁として、これらの書類はとても重要です。これらが法律の基準を満たしているか、一度専門家に確認してもらうと安心です。

事前の準備をしっかり行うことが、将来のリスクを減らす最大の方法となります。

フレックスタイム制の給与計算に関するよくある質問（FAQ）

Q1: 清算期間内に労働時間が不足した場合の給与はどう計算しますか？

不足した時間分の給与を、その月のお給料から差し引くことが可能です。ただし、就業規則にその旨のルールがしっかりと記載されていることが条件となります。何もルールがない状態でお給料を引くと、違法となる可能性があるので注意してください。また、引ききれなかった時間を翌月に繰り越すことは原則としてできません。

または、不足した時間を次の清算期間の総労働時間に上乗せして働いてもらう方法もあります。会社の実態に合わせて、どちらの方法を取るかあらかじめ決めておきましょう。

Q2: コアタイムに遅刻したときの減給処分は法律上可能ですか？

原則として、単純にその日の遅刻として減給することはできません。フレックスタイム制では、清算期間全体の労働時間で判断を行うからです。全体の時間が足りていれば、その遅刻分はお給料の引き下げ対象にはなりません。ただし、コアタイムに遅れたこと自体を理由として、人事評価（査定など）を下げることは可能です。

あるいは、就業規則のルールに基づいて、全体の労働時間から引く形での精算を行います。個別具体的な判断は難しいので、専門家へご相談をすることをおすすめします。

Q3: フレックスタイム制でも深夜残業の割増賃金は発生しますか？

はい、深夜残業の割増賃金は必ず発生します。フレックスタイム制であっても、夜22時から朝5時までの間に働いた場合は、深夜労働となります。

この時間帯の労働に対しては、25%以上の深夜割増手当を支払わなければなりません。これは、全体の労働時間が基準に達しているかどうかとは関係なく発生します。総労働時間が基準に達していなくても、深夜に働いた時間分は別で計算が必要ですので、忘れないようにしてください。

夜遅くに仕事をすることが多いIT業界などでは、とくに気をつけるべきポイントです。

（まとめ）

ここまで、フレックスタイム制の給与計算について、仕組みや注意点を見てきました。柔軟で魅力的な制度ですが、正しく運用するためには細かい集計とルールの整備が欠欠かせません。自己流での管理にはリスクが伴うため、正しい手順を踏むことが重要です。

間違ったやり方を続けていると、思わぬ労務トラブルにつながることもあります。まずは自社の現状を確認し、システムや就業規則の直しが必要かどうかを考えてみてください。一歩ずつ改善を進めていくことが、会社全体の成長につながります。

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