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フレックスタイム制 遅刻 欠勤の対策!労務トラブルを防ぐ重要ルール
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フレックスタイム制 遅刻 欠勤の対策!労務トラブルを防ぐ重要ルール

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2026.06.02

フレックスタイム制を導入したけれど、メンバーの遅刻や欠勤の扱いに悩んでいませんか!?
自由な働き方ができる反面、ルールの決め方でつまずく会社はとても多いように感じます。

フレックスタイム制 遅刻 欠勤の正しいルールについて、法律の基本から分かりやすく解説します。実務での注意点や落とし穴を知って、トラブルのない素晴らしい職場を一緒に作りましょう。

Ⅰ なぜ今、フレックスタイム制 遅刻 欠勤のルール化が重要なのか

1.IT業界やスタートアップでの導入リスク

最近では、IT業界やスタートアップ企業を中心に、フレックスタイム制をとり入れる会社が増えています。エンジニアの採用を有利にすすめだったり、社員の定着率をあげたりするために、自由な働き方が役立つからです。

しかし、自由だからといって、なんでも個人の自由にしてよいわけではありません。ルールの設定があまいと、社員の勤怠が徐々に乱れてしまいます。ですから、フレックスタイム制 遅刻 欠勤の基準をあらかじめ明確にしておくことが必要なのです。

ルーズな雰囲気が社内に広がると、チーム全体の生産性が大きく落ちてしまうこともあります。優秀な人材が集まる急成長フェーズだからこそ、しっかりとした明確な基準を作ることが強く求められています。

2.自由な働き方と労働義務のバランス

フレックスタイム制は、働く時間を社員自身の判断にまかせる素晴らしい仕組みです。一方で、出勤するかどうかまで完全に自由にするわけではありません。社員には、会社との労働契約に基づいて、決められた労働日に勤務する義務があります。

この自由と義務のバランスを正しく理解していないと、現場の管理職や人事の担当者は大きな混乱に直面してしまいます。「今日は気分が乗らないから夕方から少しだけ働こう」というような、勝手な行動が増えるおそれもあります。会社を守るためにも、フレックスタイム制 遅刻 欠勤のバランスを正しく設計しましょう。

会社と社員の双方が納得して気持ちよく働くためにも、あらかじめルールを決めておくことが大切です。詳しい制度の概要については、公的機関である厚生労働省の公式ウェブサイトにある「フレックスタイム制のわかりやすい解説」なども参考になります。

フレックスタイム制 遅刻 欠勤における具体的な課題と落とし穴

1.コアタイムがある場合の遅刻と早退の基準

まずは、コアタイムがある場合を見てみましょう。たとえば、会社のルールで「11時から15時までは必ず働いてください」と決めているケースです。この時間帯に遅れて業務を開始したときは、当然ながら遅刻になります。

また、コアタイムが終わる前の14時に業務を終えて帰ることは、早退になります。これは通常の勤務体制と同じですので、比較的イメージがしやすいかと思います。時間帯によって社員の扱いが大きく変わる点がポイントとなります。

ただし、フレキシブルタイムには注意が必要です。フレキシブルタイムにいつ会社に来ても、いつ家に帰っても、遅刻や早退にはなりません。

2.スーパーフレックスでの欠勤の考え方

一方で、コアタイムをまったく設けない制度を、いわゆるスーパーフレックスと呼ぶことがあります。この場合、遅刻や早退という概念そのものが存在しません。何時に業務を始めても、何時に業務を終えても、すべて本人の自由だからです。

では、1日中いちども出勤しなかったときは、どのような扱いになるのでしょうか。コアタイムがないのだから、欠勤にはならないとおもう方もいるかもしれません。しかし、フレックスタイム制であっても所定労働日に全く働かなければ、やはりそれは欠勤となります。

フレックスタイム制は、労働者が自分で出勤するかしないかという、休みの自由までを当然に認める制度ではないからです。ただし、就業規則などで、具体的な休日の特定を労働者に認める制度にすることもできます。その場合は、労働者の判断によって出勤しないと決めた日が休日となりますので、欠勤にはなりません。

ここで、フレックスタイム制におけるパターン別の扱いを表にまとめておきます。

制度のパターン遅刻・早退の概念1日中休んだ場合の扱い
① コアタイム・フレキシブルタイム両方ありあり(コアタイムに遅れた場合など)欠勤(勤務がないため)
② コアタイムの設定のみありあり(コアタイムに遅れた場合など)欠勤(勤務がないため)
③ フレキシブルタイムの設定のみありなし(始業・終業は自由なため)欠勤(勤務がないため)
④ 両方の設定がない(スーパーフレックス)なし(24時間いつでも自由なため)欠勤(勤務がないため)

Ⅲ 賃金控除とトラブルを防ぐ実務対応のポイント

1.コアタイムの欠務分をフレキシブルタイムで取り戻せるか

コアタイムのある職場で、フレックスタイム制下で遅刻 欠勤があったとき、その分の給与を引くことができます。これを欠務控除といいます。労基法には「ノーワーク・ノーペイの原則(働いていない時間に対しては給与を支払わなくてよいという基本的なルールのこと)」があるため、これは正しい対応です。

ここで、社員から「別の日にその分を長く働いたから、給与を引かないでほしい」と言われることがあります。しかし、原則として社員が自分の判断で勝手に時間をとり戻すことはできません。フレキシブルタイムに働くべき時間は、全体の総労働時間からコアタイムの時間を引いたものとして、あらかじめ決まっているからです。

具体例をいくつかリスト形式であげて説明します。

  • その月の総労働時間が170時間
  • コアタイムの合計が80時間
  • フレキシブルタイムで働くべき時間は90時間

この場合、コアタイムに遅刻があってもフレキシブルタイムの90時間という数字は変わりません。つまり、社員が自分の判断でこれを超えて働くことは原則として許されないのです。したがって、働かなかった時間分の給与をしっかりと控除するのが基本となります。

ただし、労使間の契約でとり戻しを認めるルールにすることも可能です。その場合は、実際の労働時間が総労働時間に達しているかどうかで判断することになります。

2.1日欠勤したときの総労働時間からの控除ルール

もし社員が労働日の1日中まったく出勤しなかったとき、実務ではどのように処理すればよいでしょうか。1日休んだときのフレックスタイム制下での遅刻 欠勤の処理は、トラブルになりやすい部分です。他の日にたくさん残業をして、清算期間における全体の労働時間の帳尻が合えば、給与は引けないのではないかという議論があります。

しかし、これでは労働日に働くべき義務を果たさなかったことに対するペナルティになりません。そこでおすすめなのが、労使協定に特別なルールを定めておく方法です。労働日の全1日を欠勤した場合は、その月の総労働時間から、標準となる1日の労働時間を引くという制度設計を推奨します。

たとえば、以下のような手順で処理をおこないます。

  1. 標準の1日の労働時間を8時間と設定する
  2. 1日欠勤した社員のその月の総労働時間を8時間分減らす
  3. 時間外労働の命令がないかぎり、実際の労働時間も他の人より少なくなる

この処理をおこなうことで、働かなかった分の給与を通常の欠勤と同じように正しく控除できるようになります。健康管理の観点から、偏った働き方をさせないためにも、このような制度設計が実務上とても必要になります。なお、全1日欠勤した場合であっても給与を控除せず、あくまで総枠だけで考えるという制度にすることも可能です。

Ⅲ 専門家である社会保険労務士の視点

フレックスタイム制を上手に運用するためには、事前のきめ細やかな制度設計が肝要です。特に、さきほどもお伝えした健康管理の視点を忘れてはいけません。1日欠勤した分を、他の日に深夜まで長く働いて取り戻すような働き方は、社員の心と体に大きな負担をかけてしまいます。

こうした偏った働き方や過重労働を防ぐためにも、欠勤時の控除ルールをあらかじめ作っておくべきです。また、もしも手続きに不備があり、フレックスタイム制の適用そのものが否定された場合は大変です。たとえば、労使協定を正しく結んでいなかったり、就業規則に必要な記載が漏れていたりする場合です。

万が一、フレックスタイム制の適用が否定された場合、日ごと、または週ごとの法定労働時間を超えて労働させた部分について、すべて割増賃金を支払わなければならなくなります。日給制や時給制が採られている場合は、通常の労働時間の分についてはすでに支払い済みであると考えられますが、その場合でも割増部分の支払いが必要になります。

1ヵ月ごとの枠を超えるかのチェックなども含めて、適正な処理をおこなわないと、気づかないうちに未払い残業代が積み重なるおそれがあり、非常に危険です。トラブルを未然に防ぎ、企業の健全な成長を守るためにも、あいまいな自己判断での運用は避け、就業規則や労使協定を専門家と一緒にしっかりと整えておきましょう。

よくある質問(FAQ)

Q1: コアタイムに遅刻した分を他の日に残業して埋めることはできますか?

結論から言うと、会社のルールでそうした取り戻しを認めていれば可能です。ただし、原則としては、社員が自分の判断で勝手に時間をとり戻すことはできません。あらかじめ決められた時間を超えて働くことは、基本的には会社の指示や承認が必要だからです。もし取り戻しを認める制度にする場合は、不公平やトラブルが起きないよう、あらかじめ書面で明確にルールを定めておくことが大切になります。自社の運用の見直しを含めて、まずは専門家へ確認することをお勧めします。

Q2: 1日も出勤しなかった日がある場合、一律で欠勤控除をしてよいですか?

結論として、あらかじめ労使協定などでルールをどのように決めているかによって異なります。ただ単に「休んだから給与を引く」とするだけでは、他の日に多く働いたときに全体の労働時間が足りてしまい、計算が合わなくなるトラブルが生じやすいです。そのため、1日欠勤したときは、その月の総労働時間から標準となる1日分の時間を差し引く、という制度設計をしておくことが実務上とても有効と考えます。これにより、通常の勤務と同じように正しく給与を控除することができます。詳しい計算方法などは複雑になることもあるため、専門家へご相談をいただくのが安心です。

Q3: フレックスタイム制の運用が間違っていた場合、どのようなリスクがありますか?

結論として、制度そのものが法律上で無効とみなされ、多額の未払い残業代が発生するリスクがあります。適正な労使協定の締結や届出といった手続きを踏んでいないと、法律上のフレックスタイム制として認められなくなります。その場合、通常の労働時間制が適用されるため、1日8時間、週40時間を超えて働いたすべての時間について、さかのぼって割増賃金を支払わなければなりません。企業経営に大きな打撃を与えるおそれがあるため、定期的に運用のチェックを専門家へ相談することをおすすめします。

まとめ

フレックスタイム制下の遅刻、欠勤のルールについて、詳しく解説してきました。自由で柔軟な働き方を社内で成功させるためには、守るべき境界線をルールとしてはっきりとさせておくことが不可欠です。特に、コアタイムの欠勤や、1日欠勤したときの給与の扱い、賃金控除の仕組みについては、就業規則や労使協定での正確な明記が欠かせません。正しく制度を設計して、社員が安心してモチベーション高く力を発揮できる環境を整えていきましょう。

フレックスタイム制の導入や、就業規則の見直しについて詳しくは、当法人の「労働時間コンサルティング」をご覧ください。お客様の業種や規模に合わせた、最適な制度設計をサポートいたします。

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